Een functionele aanpassing is een structuur of gedrag dat ergens in de evolutionaire geschiedenis van een soort is ontstaan om te helpen bij het voortbestaan van die soort of zijn voorgangers. Een waterdichte eierschaal is bijvoorbeeld een functionele aanpassing die bij reptielen is ontstaan als reactie op de noodzaak om eieren te leggen in droge, uitdrogende omgevingen waar doorlaatbare eierschalen zouden zijn uitgedroogd.
Functionele aanpassingen vormen de kern van de evolutie. Structuren die de overlevingskans van een organisme vergroten, worden sterk begunstigd door natuurlijke selectie, zodat ze van generatie op generatie in steeds grotere aantallen verschijnen totdat de eigenschap vast wordt en elk lid van de bevolking ze heeft. Soms maken functionele aanpassingen de overgang van de ene functie naar de andere. Een voorbeeld hiervan zijn veren. Veren ontstonden tijdens het Mesozoïcum als een vorm van isolatie voor sommige dinosaurussoorten. Bij deze soorten fungeerden ze als isolatie. Na verloop van tijd veranderde de vorm van sommige veren om te kunnen vliegen tussen de voorouders van moderne vogels. Veren kregen dus een nieuwe functie in de loop van de vogelevolutie.
Eenmalig functionele aanpassingen kunnen hun functie verliezen. Deze rudimentaire aanpassingen zijn niet altijd nutteloos. Het menselijke stuitbeen of staartbeen is een voorbeeld van een rudimentaire aanpassing. Het dient nog steeds als bevestigingspunt voor spieren, maar er wordt aangenomen dat het sterk verminderde functies heeft ten opzichte van voorouderlijke vormen.
